Po studiach filozoficznych i teologicznych w Valkenburgu, Profittlich przeniósł się do Polski w 1922 roku, gdzie studiował filozofię i teologię na poziomie doktoranckim. Następnie pracował jako duszpasterz w Opolu i Hamburgu. Profittlich został wysłany do Estonii przez Niemiecką Prowincję Zakonu Jezuitów w 1930 roku i przez następne dziesięć lat odgrywał wiodącą rolę w budowaniu Kościoła katolickiego w tym kraju.

11 maja 1931 r. dekretem Papieskiej Komisji Rosji Eduard Profittlich został mianowany administratorem apostolskim. W dniu 27 listopada 1936 r. Eduard Profittlich został mianowany biskupem tytularnym Hadrianopolis di Haemimonto, a 27 grudnia 1936 r. został konsekrowany na biskupa w Tallinie w katedrze Świętych Apostołów Piotra i Pawła, w asyście biskupa pomocniczego Rygi Jāzepsa Rancānsa (1886-1969) i fińskiego biskupa Guillaume Cobbena SCJ (1897-1985) przez nuncjusza Antonino Arata.

Dzięki jego poświęceniu praca duszpasterska Kościoła katolickiego w Estonii osiągnęła nowy poziom. Można powiedzieć, że jego dziedzictwo istnieje w Kościele katolickim do dziś. Bez wielkiej pracy i wkładu biskupa Kościół katolicki z pewnością nie przetrwałby lat okupacji. 

Przeczytaj artykuły o Profittlich 

Pod koniec lat 30. sytuacja polityczna w całej Europie stała się bardziej napięta, a w polityce wewnętrznej Estonii również doszło do osłabienia demokracji. W 1939 r. podpisano pakt Ribbentrop-Mołotow między krajami pod rządami Stalina i Hitlera, dzieląc Europę na strefy wpływów. W czerwcu 1940 r. Związek Radziecki zajął Estonię, co nie tylko zmieniło sytuację polityczną, ale także zaczęło wpływać na działalność stowarzyszeń religijnych i kościołów.

Jesienią 1940 r. sytuacja w Estonii stała się jeszcze bardziej napięta. W październiku arcybiskup Profittlich wysyła swój pierwszy list do Rzymu, prosząc o radę, co robić - pozostać ze swoją owczarnią w Estonii czy wyjechać do Niemiec. Profittlich musiał poinformować niemiecką ambasadę o swojej decyzji do 15 listopada 1940 roku. Watykan nie udzielił jednak żadnej odpowiedzi. Arcybiskup Profittlich szybko wysłał nowy list do kardynała Maglione w Rzymie, informując go o sytuacji Kościoła w Estonii.

Arcybiskup Eduard Profittlich, po podjęciu decyzji o wyjeździe do Niemiec, ponownie próbował skontaktować się z Rzymem i wysłał kolejny list w styczniu 1941 roku. Miesiąc później, w lutym, otrzymał odpowiedź za pośrednictwem nuncjatury w Berlinie, gdzie nuncjusz apostolski Orsenigo (1873-1946) poinformował go o decyzji Ojca Świętego. Sługa Boży ma swobodę czynienia tego, co uważa za najlepsze w imię Boga, ale decyzja musi uwzględniać dobro dusz powierzonych przełożonemu.

Dzięki modlitwie i namysłowi Profittlich wie, że pozostaje ze swoją trzodą. Stawia czoła swojemu przeznaczeniu z wielką ufnością i przekonaniem. Profittlich ponownie pisze do Rzymu i oznajmia swoją decyzję papieżowi, prosząc o błogosławieństwo Ojca Świętego. W tym samym czasie Profittlich informuje swoich krewnych w Niemczech, że zdecydował się pozostać w Estonii:

„W końcu słuszne jest, aby pasterz przebywał ze swoją trzodą i dzielił jej radości i smutki. I muszę powiedzieć, że ta decyzja, choć wymagała kilku tygodni przygotowań, nie została podjęta w strachu i trwodze, ale z wielką radością [-].

Chciałbym powiedzieć wszystkim, jak dobry jest dla nas Bóg, jeśli całkowicie Mu się oddamy, jak szczęśliwi możemy się stać, jeśli jesteśmy gotowi oddać całe nasze życie i wolność Chrystusowi. Wiem, że Bóg jest ze mną. A wtedy wszystko będzie dobrze. A moje życie i, jeśli zajdzie taka potrzeba, moja śmierć będą życiem i śmiercią w Chrystusie. I to jest tak niewypowiedzianie piękne”.

W nocy 27 czerwca 1941 r. miało miejsce aresztowanie i przeszukanie w mieszkaniu Profittlicha w pobliżu kościoła rzymskokatolickiego przy ulicy Vene w Tallinie. Z zeznań różnych świadków wiadomo, że Profittlich poprosił aresztujących funkcjonariuszy, aby pozwolili mu udać się na krótką modlitwę do katedry. Pozwolono mu na to. Po krótkiej modlitwie przed ołtarzem, gdzie katolicy do dziś spotykają się, aby przyjąć Świętą Eucharystię, rozpoczęła się podróż Profittlicha na Kalwarię.

Został przewieziony do więzienia w Kirowie. Miasto Kirow znajduje się 800 km od Moskwy. Pierwsze przesłuchanie Profittlicha miało miejsce w sierpniu 1941 roku. Wszystkie przesłuchania odbywały się w nocy i można sobie tylko wyobrazić moralne i fizyczne cierpienia i trudy, które Profittlich znosił w odległej celi sowieckiego łagru.

Przesłuchania trwały do listopada, kiedy to Profittlich został skazany. Izba Sądowa Obwodu Kirowskiego NFSR Rosji uznała oskarżonego za winnego, a sąd potwierdził jego winę za bezprawną pomoc w emigracji personelu Kościoła katolickiego oraz za działalność antyrewolucyjną i agitację w Kościele.

Sąd skazał Eduarda Profittlicha na karę śmierci przez rozstrzelanie na podstawie § 58(12) i § 58(10) II Kodeksu Karnego Rosyjskiej SRR. Jednakże Profittlich, który został niesłusznie skazany, zmarł w więzieniu w Kirowie 22 lutego 1942 r. przed wykonaniem wyroku.