Nach dem Studium der Philosophie und Theologie in Valkenburg ging Profittlich 1922 nach Polen, wo er einen Doktor in Philosophie und Theologie machte. Anschließend arbeitete er als Pfarrer in Oppeln (Polen) und in Hamburg (Deutschland). 1930 wurde Profittlich von der Deutschen Provinz des Jesuitenordens nach Estland entsandt, wo er in den folgenden zehn Jahren eine führende Rolle beim Aufbau der katholischen Kirche innehatte.

Am 11. Mai 1931 wurde Eduard Profittlich per Dekret der Päpstlichen Kommission von Russland zum Apostolischen Administrator ernannt. Am 27. November 1936 wurde Eduard Profittlich zum Titularbischof von Hadrianopolis in Haemimonto ernannt und am                27. Dezember 1936 wurde er in Tallinn in der Kathedrale St. Peter und Paul durch Nuntius Antonino Arata zum Bischof geweiht, Konzelebranten waren Rigas Weihbischof Jāzeps Rancāns (1886-1969) und der finnische Bischof Guillaume Cobben SCJ (1897-1985).

Dank seines Engagements erreichte die pastorale Arbeit der katholischen Kirche in Estland ein neues Niveau. Man kann sagen, dass sein Vermächtnis bis heute in der katholischen Kirche in Estland fortbesteht. Ohne die große Arbeit und den Beitrag des Bischofs hätte die katholische Kirche die Jahre der Besatzung sicherlich nicht überstanden.

Artikel über Profittlich lesen 

Ende der 1930er Jahre war die politische Lage in ganz Europa angespannter geworden, und auch in der estnischen Innenpolitik war eine Schwächung der Demokratie zu beobachten. Im Jahr 1939 wurde der Molotow-Ribbentrop-Pakt zwischen den Ländern unter Stalin und Hitler unterzeichnet, der Europa in ihre Einflusssphären aufteilte. Im Juni 1940 besetzte die Sowjetunion Estland, was nicht nur eine Veränderung der politischen Lage bedeutete, sondern sich auch auf die Aktivitäten der religiösen Vereinigungen und Kirchen in diesem Land auszuwirken begann.

Im Herbst 1940 wird die Lage in Estland noch angespannter. Im Oktober schickt Erzbischof Profittlich seinen ersten Brief nach Rom und bittet um Rat, was er tun soll - entweder bei seiner Gemeinde in Estland bleiben oder nach Deutschland gehen. Profittlich muss die deutsche Botschaft bis zum 15. November 1940 über seine Entscheidung informieren. Doch der Vatikan antwortet nicht. Erzbischof Profittlich schickt daraufhin schnell ein neues Schreiben an Kardinal Maglione in Rom, in dem er ihn über die Lage der Kirche in Estland informiert.

Obwohl Erzbischof Eduard Profittlich erwägt, nach Deutschland zu gehen, versucht er weiterhin, mit Rom Kontakt aufzunehmen und schickt im Januar 1941 einen weiteren Brief. Einen Monat später, im Februar, erhält er eine Antwort von der Berliner Nuntiatur, wo der Apostolische Nuntius Orsenigo (1873-1946) ihm die Entscheidung des Heiligen Vaters mitteilt. Der Diener Gottes hat die Freiheit, das zu tun, was er im Namen Gottes für das Beste hält, aber die Entscheidung muss das Wohl der Seelen berücksichtigen, die seinem Vorgesetzten anvertraut sind.

Im Gebet und durch Selbstprüfung erkennt Profittlich, dass er bei seiner Herde bleiben muss. Er stellt sich seinem Schicksal mit großer Zuversicht und Überzeugung. Profittlich schreibt erneut nach Rom und teilt dem Papst seine Entscheidung mit und bittet um den Segen des Heiligen Vaters. Gleichzeitig teilt Profittlich seinen Verwandten in Deutschland mit, dass er sich entschieden hat, in Estland zu bleiben:

„Es geziehmt sich ja wohl, dass der Hirte bei seiner Herde bleibt und mit ihr Freud und Leid gemeinsam trägt. Und ich muss sagen, dass mich dieser Entschluss zwar einige Wochen der Vorbereitung kostete, ich ihn dann aber nicht mit Furcht und Angst traf, sondern sogar mit großer Freude [...].

Ich hätte es jedem sagen mögen, wie gut Gott doch gegen uns ist, wenn wir uns ihm ganz hingeben, wie glücklich man doch werden kann, wenn man bereit ist, alles, Freiheit und Leben für Christus hinzugeben. Was auch immer kommen mag, ich weiß, Gott wird mit mir sein. Und dann wird schon alles gut sein. Und mein Leben und, wenn es sein soll, mein Sterben wird Leben und Sterben in Christus sein. Und das ist so überaus schön.“

In der Nacht des 27. Juni 1941 fand eine Verhaftung und Durchsuchung in Profittlichs Dienstwohnung in der Nähe der römisch-katholischen Kirche in der Vene-Straße in Tallinn statt. Aus den Aussagen verschiedener Zeugen ist bekannt, dass Profittlich die verhaftenden Beamten darum bat, kurz in die Kathedrale St. Peter und Paul gehen zu dürfen, um einige Augenblicke zu beten. Dies wurde ihm gestattet. Nach einem kurzen Gebet vor dem Altar, wo sich auch heute noch Katholiken zum Empfang der Heiligen Eucharistie treffen, begann Profittlich seinen Kreuzweg.

Er wurde in das Gefängnis von Kirow gebracht. Die Stadt Kirow liegt 800 km von Moskau entfernt. Profittlichs erstes Verhör fand im August 1941 statt. Alle Verhöre fanden nachts statt, und man kann sich nur vorstellen, welche seelischen und körperlichen Leiden und Entbehrungen der katholische Oberhirte in einer abgelegenen sowjetrussischen Gefängniszelle ertragen musste.

Die Anhörungen dauerten bis November, als ein Gerichtsurteil gegen Profittlich verhängt wurde. Die Justizkammer des Gebiets Kirow der russischen NFSR befand den Angeklagten für schuldig, und das Gericht bestätigte seine Schuld an der rechtswidrigen Unterstützung der Auswanderung von Mitarbeitern der katholischen Kirche sowie an antirevolutionären Aktivitäten und Agitation innerhalb der katholischen Kirche.

Das Gericht verurteilte Eduard Profittlich gemäß § 58 Absatz 12 und § 58 Absatz 10 II des Strafgesetzbuchs der russischen NFSV zum Tode durch Erschießen. Profittlich, der zu Unrecht verurteilt worden war, starb jedoch am 22. Februar 1942 im Gefängnis von Kirow, bevor das Urteil vollstreckt werden konnte.